Le Synprefh est administré par un bureau national de treize membres constitué de dix praticiens hospitaliers et deux praticiens hospitalo-universitaires élus pour une durée de quatre ans, ainsi que d’un représentant des assistants. Le bureau national est renouvelé par moitié tous les deux ans.

Il est assisté par un comité stratégique de vingt praticiens hospitaliers et hospitalo-universitaires, par plusieurs chargés de missions et par vingt-deux délégués régionaux. 

Les coordonnées des membres sont disponibles à la rubrique Annuaire.