Le Synprefh est administré par un conseil d'administration de treize membres constitué de dix praticiens hospitaliers et deux praticiens hospitalo-universitaires élus pour une durée de quatre ans, ainsi que d’un représentant des assistants. Le conseil d'administration est renouvelé par moitié tous les deux ans.

Il est assisté par un comité stratégique de vingt praticiens hospitaliers et hospitalo-universitaires, par plusieurs chargés de missions et par vingt-et-un délégués régionaux.

Les coordonnées des membres sont disponibles à la rubrique Annuaire.